Entonces, las Maletas del Museo son mini exposiciones contenidas en maletas comunes de viajero que pueden ser desplazadas por el país en diversos medios de transporte (bus, mula, canoa, etc.) lo cual permite una altísima movilidad y una eficacia social que el museo siempre ha perseguido, expresada en bajo costo de desplazamiento, montaje y facilidad de reposición de elementos con materiales de uso común.
Este programa no sería posible sin aliados como Colciencias, El Planetario Distrital de Bogotá y el Jardín Botánico de Bogotá, José Celestino Mutis quienes han colaborado en la reducción de los costos. Igualmente, gracias a la Red de pequeños museos del área Andina Liliput, el programa Ondas y las redes sociales e institucionales que maneja directamente el museo, hemos podido cubrir con este programa diferentes municipios, departamentos y lugares más alejados del país, incluyendo regiones de países fronterizos como Ecuador y Venezuela. El éxito de las maletas se ha reflejado en la cobertura ya que estimamos que las maletas en su conjunto han sido visitadas por más de un millón de personas.